Hatte bei den PSX ISOs auch so meine Probleme...egal ob ich etwas einfach nur mit dem Explorer rüberkopiert habe, oder mit WinSXP.
Was bei mir funktioniert hat - und zwar immer - ist die ISOs in 64MB große Teile zu packen und dann so über das Netzwerk auf die SD-Karte schieben(schade, dass das nicht direkt geht...). Mit 7Zip konnte ich die Dateien auch immer entpacken(gab mit winrar manchmal Fehler wie:"Netzwerk nicht verfügbar").